自从千手柱间与宇智波斑建立木叶，各国纷纷相仿，充满毁灭的战国时代终于结束，迎来了短暂的和平。》.[]
但是木叶的两根擎天支柱之一的宇智波斑离开了，不久之后带着九大尾兽中最强的九尾，回到了木叶。
千手柱间和宇智波斑决战终结之谷，最终宇智波斑以封印一颗永恒眼的代价，发动了伊邪那岐，瞒天过海。
千手柱间捕获了九尾，他的妻子漩涡水户因为漩涡一族独特的体质和封印术，将九尾封印在自己的体内，成为了第一代九尾人柱力。
此时五大国已经蠢蠢欲动，千手柱间开始抓捕尾兽，同时召开第一届五影大会，将各大尾兽分给其他四个国家，其中风之国的砂忍村因为已经有了一尾，所以要了火之国的土地和各国买尾兽所花钱财的三成。
千手柱间死后，他的弟弟千手扉间继承火影之位，虽然战斗力没有办法和兄长相比，但是管理忍村的才能不输于兄长。
相比有些天真的兄长，千手扉间知道忍界的纷争绝不会停止，为了长久延续忍村，他创建了木叶的忍着学校，培养下一代忍者。
等老一辈的忍者逝去，还有人可以继承火之意志。
千手扉间收了六个弟子，分别是未来的第三代火影猿飞日斩，未来根部的首领志村团藏，以及未来第三代火影的顾问水户门炎和转寝小春，猪鹿蝶三族中秋道一族的秋道取风。其中还有一直被二代火影所忌惮的宇智波一族的宇智波镜，他的后代就是凭借瞬身术出名，同时拥有万花筒写轮眼究极幻术别天神的宇智波止水。
火之国木叶忍村和雷之国云隐忍村的结盟大会上。云隐村手持六道仙人神器的金角和银角，率领精锐的金角部队反叛。
千手扉间为了保护弟子的性命，留下来断后，同时知道前途凶险，去之任命自己六位弟子之一的猿飞日斩为第三代火影。
千手扉间死后，猿飞日斩接掌火影之位。
志村团藏隐藏起来，成为了暗中守护木叶的根。同时向往着有朝一日可以继承火影之位。
时光流逝，三代火影猿飞日斩也不再年轻，同样收了三个弟子。他们的名号更加响亮，其中有千手柱间的亲孙女千手纲手，出身平民的自来也，父母双亡的大蛇丸。
三个人以后的成就并不先人少。甚至贯穿了整个火影。
忍者大陆度过了一段平静的时日。五大忍村暗波汹涌，明面的大战没有开始，背地里见不的勾当数不胜数。
年幼的三忍已经长大，忍界的波动也越来越剧烈，国家间经济发展的不平衡，各国忍村武斗派势力抬头，大战一触即发。
很快表面的平静也被打破，火之国的木叶村、土之国的岩忍村、风之国的砂忍村。同时出兵，战场就是三大国交界处的雨之国。
常年雨水笼罩的雨忍村。似乎预示了这个国家悲惨的命运，但是战争的车轮一但滚动，很难在停下来的。
凄惨的忍界大战又一次开始了，不管是平民，还是忍者，都难以置身于世外，战争中心更是每天都上演无数的惨剧。